A história começa com o protagonista, Shichimi, despedindo-se enquanto se prepara para sua jornada para Edo (na nossa Terra, Edo foi o antigo nome de Tóquio antes de se tornal a capital do Japão). A mãe dele acabou de morrer, deixando para ele apenas uma noz e um pedido para que ele vá se encontrar com seus meios-irmãos. Ao chegar na cidade de Edo, Shichimi encontra um misterioso homem, que zomba da paz do mundo como uma ilusão. Niji-Iro é uma história de seis irmãos e uma irmã, que compartilham o mesmo pai, mas são de diferentes mães. O pai deles é o shougun do reino, mas os irmãos não o conhecem. Na história os irmãos tentam descobrir sobre suas origens.