Kyon é um calouro do ensino médio comum que há muito tempo desistiu de seus sonhos de infância de encontrar o fantástico e sobrenatural… ou então ele pensava. Desde o primeiro dia de escola, seu colega de classe, “a bonita”, mas excêntrica, Haruhi Suzumiya, deixa muito claro que seu único desejo é encontrar aliens, viajantes do tempo, e paranormais! Uma conversa casual entre os dois inspira Haruhi para formar a Brigada SOS, um clube de escola criado com o único propósito de se obter esses seres sobrenaturais juntos. Os membros iniciais consistem na leitora ávida e silenciosa Yuki Nagato, a tímida mas voluptuosa Mikuru Asahina, e o educado e sempre sorridente Itsuki Koizumi. Kyon rapidamente descobre que esses aparentemente “vítimas indefesas” de Haruhi são realmente membros secretos de organizações, tanto futuristas, quanto alienígenas vigiando Haruhi pois ela é o auge de alguma grande calamidade no futuro…