É o 16º ano da era Meiji. Cinco anos se passaram desde que Kenshin Himura parou a revolta de Makoto Shishio. Embora as chamas de sua revolução tenham sido extintas, as cicatrizes deixadas por ela ainda são sentidas em todo o Japão. Remanescentes de seu grupo – embora dispersos – ainda existem. Alguns encontraram a paz enquanto outros continuam a lutar.