Takina Inoue, uma estudante do ensino médio que trabalha como membro de uma força-tarefa feminina de assassinos e espiões conhecida como “Lycoris” despachada para eliminar criminosos e terroristas em Tóquio, é sancionada por seus superiores na agência DA por desobedecer ordens a fim de salve um colega. Ela é transferida para trabalhar com o agente de elite da Lycoris Chisato Nishikigi em uma das filiais da agência, que opera sob a cobertura de um café, chamado “LycoReco”.