No ano entre os eventos dos dois primeiros jogos, a história gira em torno de dois novos personagens exclusivos para o mangá: Tyr e Mizuha, e o mistério de peças de engrenagem cortadas caindo do céu. Membros do Posto de Administração da Guerra, uma organização secreta responsável por muitos eventos nos jogos – servem como os antagonistas da história. Personagens dos jogos, como Sol, Ky, Axl, Potemkin e Kliff, também aparecem, embora com papéis relativamente menores.