A Guerra do Santo Graal é uma batalha entre sete magos que desempenham o papel de mestres. Os mestres, através do uso de selos de comando dados a eles quando os mesmos entram na guerra, comandam espíritos heroicos conhecidos como “servos” para lutar nessa batalha. Na Quinta Guerra do Santo Graal, Rin Tohsaka entra na competição. Junto de seu servo, Archer, ela deseja obter o maior dos prêmios, o Santo Graal, um artefato mágico capaz de garantir qualquer desejo ao seu dono. Um dos colegas de classe de Rin, Shirou Emiya, acidentalmente entra na competição e acaba invocando um servo da classe Saber. Ao se encontrarem enfrentando os mesmos inimigos, Rin e Shirou decidem formar uma aliança temporária, enquanto enfrentam seus oponentes na guerra.