Conta a história de Taichi Yagami (que, apesar de ser fisicamente idêntico ao da série animada Digimon Adventure, não é o mesmo personagem), que é impedido de participar de um torneio de domadores de digimon porque o seu monstro não é reconhecido como um digimon programado pelo jogo. Ao verificar se o aparelho está com defeito, ele é transportado para o Digimundo, onde encontra o seu digimon em “carne e osso”, Zeromaru, ou simplesmente Zero (um V-Dramon, ou, no anime, Veedramon). A única pista que ele tem é uma voz que fala sobre um tal de “Castelo do Anjo Sagrado” e, com a ajuda de Gabo (Gabumon), eles vão em busca do que levou Taichi a vir parar naquele lugar.