Tudo se passa em um futuro distante. A humanidade estabeleceu uma cidade-forte-móvel chamada de Plantação, na mesma existe um quartel general chamado de Mistilteinn, também conhecido como Gaiola. As crianças são enumeradas e têm como destino pilotar humanoides chamados de FranXX, com o objetivo de proteger a humanidade dos Urrossauros.A história se foca na perspectiva do jovem Hiro, também conhecido como Code:016, o mesmo era considerado um prodígio, mas acabou ficando para trás, mas tudo está para mudar após seu encontro predestinado com a garota de chifres “Zero two”.