Biorg Trinity fala sobre Fuji, um aluno do segundo ano apaixonado por Enomoto Fumiho. Ele vive em um mundo em que as pessoas são tocadas por uma rara ?doença? chamada ?Biorg-Bug?. Um dia Fuji ?pega? o bug, que deixa nas suas mãos buracos em forma de coração. O que acontecerá com ele agora? Irá ele conquistar Enomoto Fumiho?