Repentinamente, uma frota de navios com misteriosas superarmas chamada “Frota da Névoa” aparece por todo o mundo. A humanidade não tinha a tecnologia necessária para enfrentar tal frota, então foi expulsa dos mares… Dezessete anos após essa grande batalha, por alguma razão, Chihaya Gunzou e seus colegas de tripulação a bordo do I-401, juntamente com Iona, a personificação (Modelo Mental) do I-401, começaram a enfrentar a “Frota da Névoa”.