Em um mundo após a morte, anjos lutam pelo seu destino e seu futuro. Yuri, a líder da Sekai Shinda Sensen, se rebela contra o Deus que deu a ela uma vida sem razão. No outro lado, Tenshi, o presidente do conselho estudantil no mundo após a morte, luta contra os membros da SSS. Os membros da SSS utilizam armamento para combater os anjos que se aproveitam de poderes sobrenaturais.
O mangá é um tie-in para a série de anime de mesmo nome, contando as histórias dos membros do SSS antes da chegada do Otonashi na planície de vida após a morte. Nome alternativo: Angel Beats Heavens Door