No Japão do século XVII, durante a era ToKugawa, nasce um menino em uma vila muito pobre. Ele se chama Kamui… Um pária, o nível mais baixo na rígida hierarquia de classes da sociedade japonesa, condenado à escravidão pelo resto de sua vida… Ele cresce e se torna um rapaz forte, e tem apenas um desejo: viver como um ser humano livre. Logo o rapaz foge de sua vila e inicia sua busca por liberdade. Mas o que acha em seu caminho, é um mundo vasto e indiferente… Onde só conseguiria sobreviver se tornando um ninja. Mas como ninja, ele só encontrou um outro tipo de prisão onde era forçado a matar outras pessoas, apenas para manter o mesmo sistema que o escravizou… Ele foge de suas leis e se torna um ninja fugitivo e caçado sem descanso por todo o país. Ainda assim, seu verdadeiro inimigo não são os ninjas que o caçam, mas seu próprio coração, incapaz de confiar em alguém. Será que algum dia Kamui irá encontrar a liberdade, o valor da amizade e talvez o mais importante, o verdadeiro amor?