Marisa foi trasferida para um colegio novo em uma cidade onde é so permitido seres fantásticos (Deuses, Youkais, Humanos com poderes e outras criaturas), mais derrepente, começa a acontecer incidentes misteriosos pela cidade e cabe a Marisa e Reimu auxiliados pela diretora do colégio Yukari Yakumo resolverem esses incidentes.